26:- use_module(library(slipcover)). 27
28:- if(current_predicate(use_rendering/1)). 29:- use_rendering(c3). 30:- use_rendering(lpad). 31:- endif. 32
33
34:-sc. 35
36:-set_sc(megaex_bottom,4). 37:-set_sc(neg_ex,given). 38bg([]).
39
40
41in([
42(active:0.5 :-
43 lumo(A),
44 bond(B,C,2),
45 atm(C,n,32,D)
46),
47(active:0.5 :-
48 lumo(A),
49 atm(B,o,40,C),
50 atm(D,n,32,C)
51),
52(active:0.5 :-
53 atm(A,o,40,B),
54 atm(C,n,32,B)
55),
56(active:0.5 :-
57 atm(A,c,28,B)
58),
59(active:0.5 :-
60 lumo(A),
61 bond(B,C,2),
62 bond(C,D,1)
63),
64(active:0.5 :-
65 lumo(A),
66 bond(B,C,2),
67 bond(D,C,1)
68),
69(active:0.5 :-
70 benzene(A),
71 ring_size_5(B)
72),
73(active:0.5 :-
74 atm(A,c,29,B)
75),
76(active:0.5 :-
77 lumo(A),
78 bond(B,C,2),
79 ring_size_5(D)
80),
81(active:0.5 :-
82 lumo(A),
83 atm(B,h,3,C),
84 ring_size_5(D)
85)]).
86
87fold(1,[d18,d26,d28,d51,d63,d67,d107,d127,d137,d151,d174,d178,d85,d92,
88 d38,d84,d100,d116,d160]).
89fold(2,[d10,d61,d86,d94,d105,d128,d173,d183,d29,
90 d42,d147,d186,d3,d5,d39,d78,d142,d182,d185]).
91fold(3,[d46,d52,d57,d80,d82,d125,d152,d169,d21,d22,d108,d180,
92 d119,d34,d65,d66,d143,d154,d181]).
93fold(4,[d1,d12,d20,d31,d83,d115,d164,d165,d166,d184,d16,d99,d102,d145,d161,d170,
94 d114,d19,d133]).
95fold(5,[d6,d15,d69,d71,d87,d95,d104,d109,d177,d187,d44,d93,d97,d106,
96 d132,d141,d73,d76,d113]).
97fold(6,[d25,d45,d54,d58,d75,d101,d140,d149,d159,d171,d8,d47,d121,d134,
98 d70,d77,d111,d62,d179]).
99fold(7,[d13,d24,d43,d64,d72,d79,d90,d122,d126,d163,d172,d30,d37,
100 d2,d17,d120,d130,d131,d129]).
101fold(8,[d11,d27,d53,d56,d68,d146,d33,d74,
102 d188,d7,d9,d14,d36,d40,d123,d135,d150,d155,d175]).
103fold(9,[d4,d41,d49,d50,d59,d96,d117,d136,d153,d23,d32,d158,d167,d176,
104 d98,d88,d124,d139,d168]).
105fold(10,[d48,d60,d112,d148,d157,d35,d81,d91,d103,d118,d162,
106 d89,d138,d144,d55,d110,d156]).
107
108output(active/0).
109
110input_cw(lumo/1).
111input_cw(logp/2).
112input_cw(bond/3).
113input_cw(atm/4).
114input_cw(benzene/1).
115input_cw(carbon_5_aromatic_ring/1).
116input_cw(carbon_6_ring/1).
117input_cw(hetero_aromatic_6_ring/1).
118input_cw(hetero_aromatic_5_ring/1).
119input_cw(ring_size_6/1).
120input_cw(ring_size_5/1).
121input_cw(nitro/1).
122input_cw(methyl/1).
123input_cw(anthracene/1).
124input_cw(phenanthrene/1).
125input_cw(ball3/1).
126
127
128modeh(1,active).
129
130modeb(1,lumo(-energy)).
131modeb(1,logp(-hydrophob)).
132modeb(*,atm(-atomid,-#element,-#int,-charge)).
133modeb(*,bond(-atomid,-atomid,-#int)).
134modeb(1,(+charge) >= (#charge)).
135modeb(1,(+charge) =< (#charge)).
136modeb(1,(+charge)= #charge).
137modeb(1,(+hydrophob) >= (#hydrophob)).
138modeb(1,(+hydrophob) =< (#hydrophob)).
139modeb(1,(+hydrophob)= #hydrophob).
140modeb(1,(+energy) >= (#energy)).
141modeb(1,(+energy) =< (#energy)).
142modeb(1,(+energy)= #energy).
143
144modeb(*,benzene(-ring)).
145modeb(*,carbon_5_aromatic_ring(-ring)).
146modeb(*,carbon_6_ring(-ring)).
147modeb(*,hetero_aromatic_6_ring(-ring)).
148modeb(*,hetero_aromatic_5_ring(-ring)).
149modeb(*,ring_size_6(-ring)).
150modeb(*,ring_size_5(-ring)).
151modeb(*,nitro(-ring)).
152modeb(*,methyl(-ring)).
153modeb(*,anthracene(-ringlist)).
154modeb(*,phenanthrene(-ringlist)).
155modeb(*,ball3(-ringlist)).
156
157modeb(*,member(-ring,+ringlist)).
158modeb(1,member(+ring,+ringlist)).
159
160
161lookahead(logp(B),[(B=_C)]).
162lookahead(logp(B),[>=(B,_C)]).
163lookahead(logp(B),[=<(B,_C)]).
164lookahead(lumo(B),[(B=_C)]).
165lookahead(lumo(B),[>=(B,_C)]).
166lookahead(lumo(B),[=<(B,_C)]).
170
171determination(active/0,lumo/1).
172determination(active/0,logp/2).
173determination(active/0,bond/3).
174determination(active/0,atm/4).
175determination(active/0,benzene/1).
176determination(active/0,carbon_5_aromatic_ring/1).
177determination(active/0,carbon_6_ring/1).
178determination(active/0,hetero_aromatic_6_ring/1).
179determination(active/0,hetero_aromatic_5_ring/1).
180determination(active/0,ring_size_6/1).
181determination(active/0,ring_size_5/1).
182determination(active/0,nitro/1).
183determination(active/0,methyl/1).
184determination(active/0,anthracene/1).
185determination(active/0,phenanthrene/1).
186determination(active/0,ball3/1).
187
188
189
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4715
4716bond(d171,d171_1,d171_2,7).
4717bond(d171,d171_2,d171_3,7).
4718bond(d171,d171_3,d171_4,7).
4719bond(d171,d171_4,d171_5,7).
4720bond(d171,d171_5,d171_6,7).
4721bond(d171,d171_6,d171_1,7).
4722bond(d171,d171_2,d171_7,1).
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4724bond(d171,d171_6,d171_9,1).
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4726bond(d171,d171_11,d171_12,7).
4727bond(d171,d171_12,d171_13,7).
4728bond(d171,d171_13,d171_14,7).
4729bond(d171,d171_14,d171_15,7).
4730bond(d171,d171_15,d171_10,7).
4731bond(d171,d171_11,d171_16,1).
4732bond(d171,d171_12,d171_17,1).
4733bond(d171,d171_14,d171_18,1).
4734bond(d171,d171_4,d171_10,1).
4735bond(d171,d171_15,d171_19,1).
4736bond(d171,d171_13,d171_20,1).
4737bond(d171,d171_5,d171_21,1).
4738bond(d171,d171_1,d171_22,1).
4739bond(d171,d171_22,d171_23,2).
4740bond(d171,d171_22,d171_24,2).
4741bond(d171,d171_21,d171_25,2).
4742bond(d171,d171_21,d171_26,2).
4743bond(d171,d171_19,d171_27,2).
4744bond(d171,d171_19,d171_28,2).
?-
induce_par([1,2,3,4,5,6,7,8,9],P)
,test(P,[10],LL,AUCROC,ROC,AUCPR,PR)
. % learn the parameteters and test the result ?-induce([1,2,3,4,5,6,7,8,9],P)
,test(P,[10],LL,AUCROC,ROC,AUCPR,PR)
. % learn the structure and the parameters and test the result ?-in(P)
,test(P,[test],LL,AUCROC,ROC,AUCPR,PR)
. % test the input theory ?-induce_par([1,2,3,4,5,6,7,8,9,10],P)
. % learn the parameteters ?-induce([1,2,3,4,5,6,7,8,9,10],P)
. % learn the structure and the parameters */